El Departamento de Presupuesto entiende en la formulación del anteproyecto del presupuesto del organismo; asimismo, en la programación y evaluación de la ejecución físico-financiera del presupuesto, y vela por el cumplimiento de las políticas y lineamientos impartidos por la Oficina de Administración General y Financiera. El área también planifica la proyección de recursos y gastos del organismo.